Für die Beflaggung der Dienstgebäude und Anlagen der Bundespolizei (bis 2005: Bundesgrenzschutz) gilt grundsätzlich der Beflaggungserlass der Bundesregierung. Ergänzende Bestimmungen finden sich im Abschnitt "Flaggenordnung" der Polizeidienstvorschrift 010 (BGS) - "Standortangelegenheiten".

Grundsätzlich ist an aufrecht stehenden Flaggenmasten zu flaggen, die an möglichst gut sichtbarer Stelle in der Nähe des Eingangs der Dienstgebäude und Anlagen zu errichten sind.

Die Dienstgebäude und Anlagen der Bundespolizei sind nicht täglich beflaggt, sondern nur an den regelmäßigen allgemeinen Beflaggungstagen sowie auf besondere Anordnung. Abweichend von Abschnitt V. Abs. 5 des Beflaggungserlasses ist für die Bundespolizei vorgeschrieben, dass eine Beflaggung von Dienstgebäuden und Anlagen bereits um 06:30 Uhr beginnt. Sie endet bei Sonnenuntergang, spätestens jedoch um 21:00 Uhr. 

Bundesdienstflagge am Heck eines Bootes der Bundespolizei (Vergrößerung öffnet sich im neuen Fenster) Quelle: Bundespolizei Bundesdienstflagge am Heck eines Bootes der Bundespolizei

Ergänzend zu den Vorschriften des Beflaggungserlasses ist festgelegt, dass ohne besondere Anordnung bei offiziellen Besuchen des Bundeskanzlers und des Bundesministers des Innern sowie am Tage der Vereidigung von Polizeivollzugsbeamten die Bundesdienstflagge zu setzen ist. Beim offiziellen Besuch des Bundespräsidenten ist dessen Standarte zu setzen. Sollte die Standarte bei einer Dienststelle nicht vorhanden sein, ist die Bundesdienstflagge zu hissen. Am Tag der Beisetzung eines verstorbenen Angehörigen der Bundespolizei ist die Bundesdienstflagge auf halbmast zu setzen.

Die Neufassung der Flaggenordnung für Wasserfahrzeuge der Bundespolizei ist auf Grundlage von § 6 Abs. 2 und von § 14 Abs. 2 des Flaggenrechtsgesetzes in der Fassung der Bekanntmachung vom 26. Oktober 1994 (BGBl. I S. 3140), das zuletzt durch Artikel 4 Absatz 141 des Gesetzes vom 7. August 2013 (BGBl. I S. 3154) geändert worden ist, am 1. Oktober 2013 in Kraft getreten und im Bundesanzeiger am 28. Oktober 2013 veröffentlicht worden. Darin ist Folgendes geregelt:

Bundespolizeischiff BP65 Rhön 2 (Vergrößerung öffnet sich im neuen Fenster) Quelle: Bundespolizei Bundespolizeischiff BP65 Rhön 2

Die Wasserfahrzeuge der Bundespolizei führen anstelle der Bundesflagge die Bundesdienstflagge.

Die im Eigentum des Bundes stehenden Wasserfahrzeuge der Bundespolizei weisen sich über ihr Flaggenrecht durch Flaggenbescheinigung (§ 3c FlaggRG) aus. Die Flaggenbescheinigung wird von der zuständigen Oberbehörde der Wasser- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes ausgestellt und ist stets an Bord mitzuführen. Scheidet ein Wasserfahrzeug der Bundespolizei, für das eine Flaggenbescheinigung ausgestellt ist, aus dem Eigentum des Bundes aus oder endet seine Verwendung im Dienst der Bundespolizei, so ist die Flaggenbescheinigung der ausstellenden Behörde zurückzugeben.

Die Bundesdienstflagge wird auf den Wasserfahrzeugen der Bundespolizei wie folgt gesetzt:

a) auf Wasserfahrzeugen, die sich in Fahrt befinden,
am Brücken-Flaggenstock, und zwar in der Regel, solange die Flagge zu erkennen ist. Ist ein Brücken-Flaggenstock nicht vorhanden, ist die Bundesdienstflagge an der Gaffel, und wenn auch keine Gaffel vorhanden ist, am Heck-Flaggenstock zu setzen;

b) auf Wasserfahrzeugen, die an Land festgemacht oder verankert sind,
am Heck-Flaggenstock in der Zeit von 8.00 Uhr bis Sonnenuntergang, längstens bis 21.00 Uhr; in der Zeit von Sonnenuntergang oder 21.00 Uhr bis 8.00 Uhr nur bei besonderen Anlässen auf Anordnung der verantwortlichen Wasserfahrzeugführerin oder des verantwortlichen Wasserfahrzeugführers.

Die Gösch zur Bundesdienstflagge kann auf Wasserfahrzeugen der Bundespolizei am Bug-Flaggenstock und für dieselbe Zeit wie die Bundesdienstflagge gesetzt werden.

Für die Dauer der Anwesenheit der Bundespräsidentin oder des Bundespräsidenten auf einem Wasserfahrzeug der Bundespolizei ist die Standarte im Topp zu setzen. Ist eine Standarte nicht vorhanden, so ist an ihrer Stelle die Bundesdienstflagge zu setzen. Für die Dauer der Anwesenheit der Bundeskanzlerin oder des Bundeskanzlers oder der Bundesministerin oder des Bundesministers des Innern auf einem Wasserfahrzeug der Bundespolizei ist die Bundesdienstflagge im Topp zu setzen.

Hubschrauber der Bundespolizei und Dienstwagen 0-1 des Bundespräsidenten mit Standarte (Vergrößerung öffnet sich im neuen Fenster) Quelle: BPA / Steffen Kugler Hubschrauber der Bundespolizei und Dienstwagen 0-1 des Bundespräsidenten mit Standarte

Die Wasserfahrzeuge der Bundespolizei entbieten den Flaggengruß, soweit dies im internationalen Seeverkehr üblich ist. Die Wasserfahrzeuge der Bundespolizei grüßen durch einmaliges Dippen der Bundesdienstflagge. Mit der Standarte der Bundespräsidentin oder des Bundespräsidenten wird nur der von einem anderen Schiff entbotene Flaggengruß erwidert. Jeder einem Wasserfahrzeug der Bundespolizei von einem anderen Schiff oder einer Landstelle entbotene Flaggengruß ist in der für den Flaggengruß der Wasserfahrzeuge der Bundespolizei vorgeschriebenen Form zu erwidern.

Bei Flaggentrauer, die einer besonderen Anordnung bedarf, sind die Bundesdienstflagge und die Gösch zur Bundesdienstflagge halbstocks zu setzen. Einer besonderen Anordnung bedarf es nicht zum Tag des Gedenkens an die Opfer des Nationalsozialismus (27. Januar) und zum Volkstrauertag.

Die Flaggenführung aus besonderen Anlässen regelt das Bundesministerium des Innern jeweils durch Einzelerlass.