Gemäß Abschnitt IV des Beflaggungserlasses setzen alle Behörden und Dienststellen des Bundes die Bundesdienstflagge. Über die Berechtigung zur Führung der Bundesdienstflagge entscheidet bei Zweifeln die zuständige oberste Bundesbehörde im Einvernehmen mit dem Bundesministerium des Innern.
Genauso wie die Verwendung der Bundesdienstflagge den Behörden und Dienststellen des Bundes vorbehalten ist, unterliegt auch die Nutzung von Länderdienstflaggen den entsprechenden Bestimmungen der Länder.